O cobre é um metal pesado que pode exercer efeitos tóxicos para micro-organismos e plantas. Os fungos ectomicorrízicos são capazes de proteger a planta hospedeira da toxidez dos metais pesados, mas a presença de certas concentrações de metais pode inibir o crescimento destes, prejudicando a simbiose micorrízica e alterar o desenvolvimento das plantas. O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito de doses de cobre na população de bactérias e fungos do solo, bem como seus efeitos na associação ectomicorrízica e no desenvolvimento de mudas de eucalipto, pinus e canafístula. O levantamento da população de micro-organismos do solo foi realizado em casa de vegetação durante 60 dias e os tratamentos foram doses de sulfato de cobre aplicadas ao solo (0,7; 0,708; 0,716; 0,724 mg kg-1 de solo) e mudas de eucalipto e pinus. No segundo experimento, mudas de eucalipto e canafístula inoculadas e não inoculadas com Pisolithus microcarpus (Cooke & Massee) Cunn (UFSC Pt 116) receberam doses de cobre de 0, 100, 200 e 300 mg kg-1 de solo. Aos 110 dias, avaliaram-se a massa fresca da parte aérea e radicular, massa seca da parte aérea, altura, diâmetro do colo e porcentagem de colonização ectomicorrízica. No primeiro experimento, a população total de bactérias e fungos do solo foi alterada pela presença do cobre, porém as mudas de eucalipto e pinus não mostraram efeitos da adição do cobre. No segundo experimento, a inoculação das mudas de eucalipto e canafístula com o isolado UFSC Pt 116 favoreceu o desenvolvimento da massa fresca da parte aérea e radicular e a altura das plantas. Conforme os resultados obtidos, a canafístula foi capaz de realizar associação ectomicorrízica com o isolado testado. O desenvolvimento das plântulas de eucalipto e canafístula foi inibido pelos níveis de cobre, mesmo inoculadas com o isolado UFSC Pt 116.