การระบุสายพันธุ์แมลงวันด้วยสัณฐานวิทยา ไม่เพียงต้องอาศัยความเชี่ยวชาญอย่างสูงด้านอนุกรมวิธาน แต่ยังจำเป็นต้องใช้ตัวอย่างที่สมบูรณ์อีกด้วย ปัจจุบันเทคนิคการระบุสายพันธุ์โดยใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ถูกใช้อย่างแพร่หลาย งานวิจัยนี้ใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์บริเวณ second internal transcribed spacer (ITS2) ของ ribosomal DNA ในการจำแนกสายพันธุ์แมลงวันที่มีความสำคัญทางการแพทย์และสัตวแพทย์ในประเทศไทย พบว่าแมลงวัน 113 ตัวอย่างจากพื้นที่ต่างๆ ในประเทศไทยถูกระบุสายพันธุ์ด้วยสัณฐานวิทยาแบ่งเป็น 22 สปีชีส์ ใน 3 วงศ์ คือ Sarcophagidae Calliphoridae และ Muscidae โดยที่แมลงวันทั้ง 22 สปีชีส์ มีขนาดนิวคลีโอไทด์บริเวณ ITS2 แตกต่างกันตั้งแต่ 297 bp ถึง 377 bp เมื่อเปรียบเทียบลำดับนิวคลีโอไทด์บริเวณ ITS2 กับฐานข้อมูลอ้างอิงใน NCBI พบว่า 89 ตัวอย่างตรงกับการจำแนกด้วยสัณฐานวิทยา ส่วนอีก 24 ตัวอย่างไม่มีข้อมูลลำดับ นิวคลีโอไทด์ในฐานข้อมูล ผลการเปรียบเทียบความต่างของลำดับนิวคลีโอไทด์พบว่า ค่า intraspecific divergence สูงสุด (0.3-6.9%) พบใน Musca domestica ในขณะที่ค่า interspecific divergence ต่ำสุด (3.3%) พบในการเปรียบเทียบระหว่าง Chrysomya megacephala กับ Chrysomya pinguis ผลการสร้างแผนภูมิต้นไม้พันธุกรรมด้วยวิธี Neighbor-Joining โดยใช้ Kimura 2-parameter model พบว่าสามารถแยกแมลงวันแต่ละสปีชีส์ออกจากกันได้อย่างชัดเจนด้วยค่า bootstrap support 77-95% แต่ไม่สามารถแยกสปีชีส์เดียวกันที่มาจากต่างพื้นที่ออกจากกันได้อย่างมีนัยสำคัญ การทดลองนี้เป็นการสะสมข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์ของแมลงวันที่มาจากพื้นที่ต่างๆ ในประเทศไทยไว้ในฐานข้อมูลออนไลน์ระดับโลก ซึ่งจะเป็นประโยชน์ในการใช้ระบุสายพันธุ์แมลงวันที่เป็น สายพันธุ์ใกล้ชิดกันมากออกจากกันได้ในอนาคต อันจะเป็นประโยชน์ในการประมาณเวลาเสียชีวิต (Postmortem interval: PMI) การรักษาโรคไมเอียซีสและการบูรณาการวิธีป้องกันกำจัดแมลงวันดูดเลือดที่เป็นปัญหาต่อปศุสัตว์ต่อไป