การศึกษาครั้งนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อตรวจติดตามและศึกษาลักษณะพันธุศาสตร์ของเชื้อไข้หวัดนกสายพันธุ์ H5N1 จากสัตว์ปีกในตลาดค้าสัตว์ปีกมีชีวิตและตลาดสดในกรุงเทพมหานครและจังหวัดใกล้เคียง ระหว่างเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2549-กรกฎาคม พ.ศ. 2550 โดยเก็บตัวอย่างจำนวน 836 ตัวอย่าง แบ่งเป็นตัวอย่างจากสัตว์ปีกมีชีวิตจำนวน 354 ตัวอย่าง และเนื้อสัตว์ปีกจำนวน 482 ตัวอย่าง จากนั้นนำตัวอย่างทั้งหมดมาเพาะแยกเชื้อไข้หวัดนกสายพันธุ์ H5N1 ด้วยวิธีการฉีดเข้าไข่ไก่ฟัก และตรวจพิสูจน์ด้วยวิธี hemagglutination test (HA) และ multiplex RT-PCR จากนั้นศึกษาลักษณะทางพันธุศาสตร์ด้วยวิธีการถอดรหัสพันธุกรรมของยีน hemagglutinin (H5) และ neuraminidase (N1) วิเคราะห์รหัสพันธุกรรมด้วยวิธี phylogenetic analysis และวิเคราะห์การเปลี่ยนแปลงของกรดอะมิโนในตำแหน่งต่างๆ ที่มีความสำคัญบนยีน H5 และ N1 ผลการศึกษาพบอุบัติการณ์ของเชื้อไข้หวัดนกสายพันธุ์ H5N1 คิดเป็น 1.4 เปอร์เซ็นต์ (12/836) โดยเชื้อไข้หวัดนกที่พบเป็นเชื้อไข้หวัดนกชนิดก่อโรครุนแรง (Highly Pathogenic Avian Influenza; HPAI) ซึ่งพบการเรียงตัวของกรดอะมิโนชนิดเบสหลายตัวที่ HA cleavage site และการลดจำนวนของกรดอะมิโน 20 ตัว ที่ NA stalk region รวมถึงไม่พบการเปลี่ยนแปลงของกรดอะมิโนในตำแหน่งที่มีความสำคัญต่อการกลายพันธุ์ การศึกษาทาง phylogenetic analysis ของยีน H5 และ N1 พบว่า เชื้อไข้หวัดนกที่พบจัดอยู่ในกลุ่มเดียวกันกับเชื้อที่แยกได้ในประเทศไทยและประเทศเวียดนาม (genotype Z) ดังนั้นเชื้อไข้หวัดนกที่พบในตลาดค้าสัตว์ปีกมีชีวิตและตลาดสดมีความใกล้เคียงกับเชื้อไข้หวัดนกที่แยกได้ในประเทศไทยในปี พ.ศ. 2547-2548 การศึกษาครั้งนี้แสดงให้เห็นว่ามีการปนเปื้อนของเชื้อไข้หวัดนกในตลาดค้าสัตว์ปีกมีชีวิตและตลาดสด ดังนั้นการเฝ้าระวังโรคและลดความเสี่ยงของเชื้อไข้หวัดนกในตลาดค้าสัตว์ปีกมีชีวิตและตลาดสดจะช่วยควบคุมและป้องกันการติดเชื้อไข้หวัดนกสายพันธุ์ H5N1 ในคน