Powered by OpenAIRE graph
Found an issue? Give us feedback
addClaim

การวิเคราะห์ลำดับเบสในบริเวณ intergenic spacer 1 ของเชื้อ pythium insidiosum

การวิเคราะห์ลำดับเบสในบริเวณ intergenic spacer 1 ของเชื้อ pythium insidiosum

Abstract

Pythium insidiosum จัดอยู่ใน Kingdom Straminipila, Phylum Oomycota, Order Peronosporales และ Family Pythiaceae เป็น aquatic fungus-like (มีลักษณะคล้ายเชื้อรา) อาศัยอยู่ในบริเวณน้ำนิ่ง เชื้อ P. insidiosum เป็นเพียงสปีซีส์เดียวที่สามารถก่อโรคในสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม รวมถึงคน และเป็นสาเหตุของโรค pythiosis ปัจจุบันพบรายงานผู้ป่วย pythiosis มากขึ้นการวินิจฉัยโรคที่รวดเร็วและแม่นยำจึงเป็นสิ่งที่จำเป็น ในการศึกษานี้ได้ทำการวิเคราะห์บริเวณ Intergenic spacer 1 (IGS-1) gene ตั้งอยู่ระหว่าง 28S rDNA และ 5S rDNA subunit ซึ่งเป็นบริเวณที่มีความซ้ำกัน และมีความหลากหลายในลำดับเบส ลำดับเบสบริเวณนี้สามารถใช้ในการจัดจำแนกเชื้อได้ถึงในระดับสปีซีส์ ในการศึกษานี้ได้ทำศึกษาเชื้อ P. insidiosum สายพันธุ์ในประเทศไทย 10 สายพันธุ์, เชื้อ Pythium 1 สายพันธุ์จากสิ่งแวดล้อมซึ่งได้จากน้ำในเขื่อนป่าสักชลสิทธิ์ จ.ลพบุรีและเชื้อที่ก่อโรคในพืช 1 สายพันธุ์ คือ เชื้อ P. graminicola โดยเชื้อทั้งหมดได้พิสูจน์และยืนยันจากการศึกษาลักษณะมหสัณฐาน, จุลสัญฐาน และ การสร้าง zoospore ในการศึกษานี้ได้ทำการศึกษาลำดับเบสในส่วน rRNA gene ตั้งแต่ 28S ถึง 5S ซึ่งครอบคลุมลำดับเบสบริเวณ IGS-1ผลที่ได้ พบว่าลำดับเบสในส่วนอนุรักษ์ 28S และ 5S มีความยาวประมาณ 2,500 คู่เบส และ 5S คู่เบสตามลำดับ ในเชื้อ P. insidiosum 10 สายพันธุ์จากผู้ป่วย pythiosis, เชื้อ Pythium ที่แยกได้จากเขื่อนป่าสักชลสิทธิ์ และ เชื้อ Pythium ที่ก่อโรคในพืช คือ P. graminicola ส่วนบริเวณ IGS-1 นั้นมีความยาวของลำดับเบสประมาณ 1,400-1,500 คู่เบส ในเชื้อ P. insidiosum 10 สายพันธุ์จากผู้ป่วย pythiosis และเชื้อ Pythium ที่แยกได้จากเขื่อนป่าสักชลสิทธ์ ส่วนเชื้อ P. graminicola มีความยาวประมาณ 1,000 คู่เบส และนำข้อมูลลำดับเบสบริเวณ IGS-1 มาวิเคราะห์ Phylogenetic tree ด้วยโปรแกรม Mega 3.1 พบว่าสามารถจัดจำแนกกลุ่มเชื้อ P. insidiosum ได้ออกเป็น 3 กลุ่ม คือ กลุ่ม 1 ประกอบด้วย M17, PyCU3, PyCU7 และ 1 สายพันธุ์ ซึ่งแยกได้จากน้ำในเขื่อนป่าสัก คือ PyCU8, กลุ่ม 2 ประกอบด้วย PyCU1, PyCU2, และ PyCU5 และกลุ่ม 3 ประกอบด้วย PyCU6, MMC45P21-2, PyCU4 และ MMC44P21-1 ซึ่งเห็นได้ว่าเชื้อ P. insidiosum ในกลุ่ม 1 เป็นเชื้อที่มาจากผู้ป่วยทางภาคกลาง ภาคเหนือ และภาคอีสาน, กลุ่ม 2 เป็นเชื้อที่มาจากผู้ป่วยทางภาคกลางของประเทศไทย และกลุ่ม 3 จากผู้ป่วยทางภาคเหนือของประเทศไทย

  • BIP!
    Impact byBIP!
    selected citations
    These citations are derived from selected sources.
    This is an alternative to the "Influence" indicator, which also reflects the overall/total impact of an article in the research community at large, based on the underlying citation network (diachronically).
    0
    popularity
    This indicator reflects the "current" impact/attention (the "hype") of an article in the research community at large, based on the underlying citation network.
    Average
    influence
    This indicator reflects the overall/total impact of an article in the research community at large, based on the underlying citation network (diachronically).
    Average
    impulse
    This indicator reflects the initial momentum of an article directly after its publication, based on the underlying citation network.
    Average
Powered by OpenAIRE graph
Found an issue? Give us feedback
selected citations
These citations are derived from selected sources.
This is an alternative to the "Influence" indicator, which also reflects the overall/total impact of an article in the research community at large, based on the underlying citation network (diachronically).
BIP!Citations provided by BIP!
popularity
This indicator reflects the "current" impact/attention (the "hype") of an article in the research community at large, based on the underlying citation network.
BIP!Popularity provided by BIP!
influence
This indicator reflects the overall/total impact of an article in the research community at large, based on the underlying citation network (diachronically).
BIP!Influence provided by BIP!
impulse
This indicator reflects the initial momentum of an article directly after its publication, based on the underlying citation network.
BIP!Impulse provided by BIP!
0
Average
Average
Average
Upload OA version
Are you the author of this publication? Upload your Open Access version to Zenodo!
It’s fast and easy, just two clicks!