นำวิธี reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) โดยใช้ primer 324 และ 326 ที่จำเพาะต่อส่วน 5' noncoding region (5'NCR) ซึ่งเป็นบริเวณที่มีลำดับนิวคลีโอไทด์ใกล้เคียงกันมากที่สุดในกลุ่ม Pestivirus มาทดสอบกับเชื้อไวรัสอหิวาต์สุกรที่ตรวจพบในประเทศไทย พบว่าไพรเมอร์คู่นี้สามารถตรวจหา สารพันธุกรรมของไวรัสอหิวาต์สุกรที่แยกได้ในประเทศทุก genogroups รวมทั้งเชื้อไวรัสวัคซีนอหิวาต์สุกรที่ใช้อยู่ในประเทศทั้ง 9 ตัวอย่าง ไพรเมอร์คู่นี้มีความจำเพาะสูง ไม่ทำปฏิกริยากับเชื้อไวรัสอื่นๆ ที่อาจตรวจพบได้ในสุกร เป็นวิธีที่มีความไวสูง สามารถตรวจหาสารพันธุกรรมของไวรัสอหิวาต์สุกรได้ในระดับ 100 median tissue culture infective dose (TCID[subscript 50]) ต่อ100 ไมโครลิตร เมื่อนำผลิภัณฑ์ PCR ที่ได้มาทำปฏิกริยากับเอนไซม์ตัดจำเพาะ Bgl I และ Ava I พบว่าเอนไซม์ Bgl I สามารถตัดลำดับเบสของไวรัสอหิวาต์สุกรได้ทุกสายพันธุ์แต่ไม่ตัดลำดับเบสของ bovine viral diarrhea virus (BVDV) ส่วนเอนไซม์ Ava I สามารถตัดลำดับเบสของทั้ง BVDV ไวรัสวัคซีนอหิวาต์สุกรและไวรัสอหิวาต์สุกรที่แยกได้ในท้องที่ทุกตัวอย่าง ยกเว้นไวรัสวัคซีนอหิวาต์สุกรสองสายพันธุ์ (LOM และThiverval) และ สายพันธุ์อ้างอิง ALD ทำการศึกษาลำดับสารพันธุกรรมของไวรัสอหิวาต์สุกรสายพันธุ์ ALD, GPE-, LOM, Thiverval, เชื้อที่แยกได้ในประเทศ (NKP/01) และ เชื้อ BVDV สายพันธุ์ Nose และ Oregon ด้วยวิธี DNA sequencing พบว่าลำดับ นิวคลีโอไทด์ของไวรัสอหิวาต์สุกรในบริเวณนี้มีความเหมือนกันสูงมากและมีความเหมือนกับลำดับของ BVDV ประมาณร้อยละ 70 เมื่อนำข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์ของผลิตภัณฑ์ PCR ของไวรัสอหิวาต์สุกรทั้ง 5 สายพันธุ์ไปทำการวิเคราะห์ทาง phylogenetic เปรียบเทียบกับไวรัสที่เป็นตัวแทนของแต่ละ subgenogroups พบว่าสามารถนำลำดับเบสของผลิตภัณฑ์ PCR ดังกล่าวมาใช้ในการศึกษาด้านระบาดวิทยาและค้นหาที่มาของเชื้อที่เป็นสาเหตุของการระบาดได้ เมื่อพิจารณาถึงความไว ความจำเพาะ ความแม่นยำ และความสะดวกรวดเร็วในการตรวจ วิธี RT-PCR โดยใช้ไพรเมอร์ 324 และ 326 และการจำแนกเชื้อด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะ จึงเป็นวิธีที่สามารถนำมาใช้ในการตรวจวินิจฉัยโรคอหิวาต์สุกรในประเทศไทยจากตัวอย่างสิ่งส่งตรวจได้