การศึกษานี้มีจุดมุ่งหมายเพื่อศึกษาถึงหลักการและมาตรการจูงใจทางภาษี ของโครงการใบกำกับภาษีอิเล็กทรอนิกส์และใบรับอิเล็กทรอนิกส์ ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของโครงการระบบภาษีและเอกสารธุรกรรมอิเล็กทรอนิกส์ ภายใต้แผนยุทธศาสตร์ National e-Payment ของประเทศไทย เปรียบเทียบกับหลักการและสิทธิประโยชน์ของสาธารณรัฐเกาหลี ซึ่งเป็นประเทศที่ประสบความสำเร็จในการใช้งานใบกำกับภาษีอิเล็กทรอนิกส์ จากการศึกษาพบว่า โครงการใบกำกับภาษีอิเล็กทรอนิกส์และใบรับอิเล็กทรอนิกส์ ภายใต้แผนยุทธศาสตร์ National e-Payment ของประเทศไทยมีปัญหาสามประการ ได้แก่ ประการที่หนึ่ง สิทธิประโยชน์ทางภาษีไม่จูงใจผู้ประกอบการให้เข้าร่วมโครงการ เนื่องจากผู้ประกอบการต้องรับภาระค่าใช้จ่าย เพื่อการลงทุนหรือใช้บริการระบบใบกำกับภาษีอิเล็กทรอนิกส์หรือใบรับอิเล็กทรอนิกส์ และการกำหนดระยะเวลาการใช้สิทธิประโยชน์ทางภาษีในช่วงเวลาที่จำกัดเพียงแปดเดือน ทำให้ผู้ประกอบการไม่ได้รับสิทธิประโยชน์ทางภาษีอย่างเต็มที่ นอกจากนี้ ผู้ประกอบการบุคคลธรรมดาจะไม่ได้รับสิทธิประโยชน์ทางภาษีแต่อย่างใด ประการที่สองผู้ประกอบการมีภาระจัดทำรายงานเกี่ยวกับภาษีมูลค่าเพิ่ม ซึ่งเป็นข้อมูลเดียวกับที่นำส่งกรมสรรพากรทางอิเล็กทรอนิกส์ไปแล้ว จึงเป็นข้อมูลที่ซ้ำซ้อนและเพิ่มภาระให้ผู้ประกอบการ ประการสุดท้าย ผู้ประกอบการมีภาระจัดเก็บเอกสารอิเล็กทรอนิกส์ ในขณะที่กรมสรรพากรจัดเก็บข้อมูลเอกสารดังกล่าวอยู่ในระบบคอมพิวเตอร์ของกรมสรรพากรอยู่แล้ว จึงเป็นการจัดเก็บที่ซ้ำซ้อนและเพิ่มต้นทุนการจัดเก็บ ซึ่งปัญหาทั้งสามประการเป็นอุปสรรคที่ทำให้ผู้ประกอบการไม่เข้าร่วมโครงการ หรือชะลอการเข้าร่วมโครงการให้ช้าที่สุดเท่าที่เป็นไปได้ เมื่อเปรียบเทียบกับสิทธิประโยชน์ของสาธารณรัฐเกาหลี พบว่ามีมาตรการจูงใจทางภาษี ให้กับผู้ประกอบการที่ใช้ใบกำกับภาษีอิเล็กทรอนิกส์ ได้แก่ การให้เครดิตภาษีมูลค่าเพิ่มตามจำนวนเอกสารอิเล็กทรอนิกส์ที่จัดทำ การไม่ต้องนำส่งรายงานภาษีมูลค่าเพิ่มสำหรับข้อมูลใบกำกับภาษีอิเล็กทรอนิกส์ที่นำส่งกรมสรรพากรแล้ว และการไม่ต้องเก็บรักษาใบกำกับภาษีอิเล็กทรอนิกส์ที่ได้ส่งข้อมูลให้กรมสรรพากรแล้ว ดังนั้น ผู้เขียนจึงเสนอแนวทางการปรับปรุงมาตรการจูงใจทางภาษีของประเทศไทย โดยการให้เครดิตภาษีมูลค่าเพิ่มแก่ผู้ประกอบการทุกประเภทอย่างเท่าเทียมกัน ในระยะเวลาที่นานขึ้น อีกทั้งควรลดภาระการจัดทำรายงานเกี่ยวกับภาษีมูลค่าเพิ่มและการจัดเก็บเอกสารอิเล็กทรอนิกส์ เพื่อให้ผู้ประกอบการเห็นข้อได้เปรียบ ของการจัดทำเอกสารในรูปแบบอิเล็กทรอนิกส์ที่ดีกว่ารูปแบบกระดาษอย่างชัดเจน ทำให้มีแรงจูงใจในการใช้งานใบกำกับภาษีอิเล็กทรอนิกส์และใบรับอิเล็กทรอนิกส์มากขึ้น ภาครัฐเองก็จะได้ประโยชน์จากการวิเคราะห์ข้อมูลทางอิเล็กทรอนิกส์ เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพการจัดเก็บรายได้จากภาษีมูลค่าเพิ่มให้กับประเทศ