Com o crescente interesse da sociedade na aplicação dos recursos públicos, a atividade de auditoria interna governamental ganha importância. Entretanto, devido ao crescimento da integração e da complexidade dos sistemas de informação, que processam grandes quantidade de dados, os auditores enfrentam novos desafios ao analisar controles internos. Este artigo aplica a técnica de mineração de processos para identificar gargalos e violações de controles em processos internos, gerando um novo tipo de evidência de auditoria. A metodologia proposta foi aplicada com sucesso nos processos da Marinha do Brasil, fornecendo meios para identificar desvios e possíveis reduções de interações e iterações realizadas pelos agentes.