Moscas-das-frutas são insetos de grande importância biológica e econômica para a agricultura de diferentes paı́ses no mundo. As perdas diretas e indiretas causadas por essa praga podem exceder USD 2 Bilhões, tornando-a um dos grandes problemas para a agricultura mundial, especialmente para o Brasil. Nesse contexto, o desenvolvimento de sistemas para a identificação automática ou semiautomática de moscas-das-frutas do gênero Anastrepha pode auxiliar os especialistas (entomólogos) na redução de tempo de análise e nas perdas. Neste trabalho de iniciação cientı́fica, nós propusemos um sistema de reconhecimento de moscas-das-frutas baseada em duas diferentes representações de imagens: (1) representação de nı́vel-médio (Bag-of-Words); (2) representação de aprendizagem profunda (deep learning-based features). Ambos trabalhos conseguiram excelentes resultados de eficácia para a tarefa de identificação de três espécies das moscas-das-frutas do gênero Anastrepha superando os resultados encontrados na literatura.