Muchos organismos vivos poseen la capacidad de adaptarse a las condiciones adversas del ambiente. Lo anterior se realiza para poder sobrevivir y asegurar una continuidad en su especie. Uno de los ambientes más tóxicos que se ha generado es la contaminación del medio. Esta ha sido resultado de la sobreproducción y el mal manejo de materiales usados por el ser humano. El agua constituye un buen ejemplo de ambiente contaminado. La contaminación ambiental ha servido como un modo de selección de varias formas microbianas, las cuales han expresado diferentes mecanismos de acción para poder adaptarse y sobrevivir al medio ambiente en el cual se desarrollan. En la Ciudad de Tuxtepec, Oaxaca y sus poblados aledaños existe un grave problema de contaminación del agua debido al mal uso de los desechos generados en industrias y hogares. Se eligieron tres afluentes, el primero fue el rio Papaloapan y dos más localizados en colonias cercanas a este. A partir de esas muestras se aislaron e identificaron, mediante diferentes metodologías (microbiológicas y de biología molecular) tres hongos microscópicos y una levadura, los cuales fueron sembrados de forma separada para su posterior estudio. Los hongos identificados fueron Aspergillus sección flavi, Penicillium citrinum y Paecilomyces lilacinus. La levadura fue Cándida parapsilosis. En este trabajo se muestran los resultados obtenidos de los aislamientos y las características microbiológicas de las cepas aisladas e identificadas. Es importante conocer y estudiar cepas microbianas (bacterias, levaduras y hongos) que sean capaces de tolerar concentraciones altas de agentes tóxicos diversos, como los metales pesados para, posteriormente, establecer protocolos de investigación que tengan como finalidad su uso como microorganismos capaces de llevar acabo la biodegradación.