A especialidade da Endodontia é a responsável por combater os micro-organismos presentes no canal radicular e a restaurar a saúde bucal, por meio da limpeza e desinfecção do sistema de canais radiculares, e posteriormente um preenchimento com um material biocompatível a fim de prevenir uma recontaminação do sistema de canais radiculares. Têm-se dois tipos de infecção endodôntica, a primária proveniente da colonização do canal radicular do dente em questão e a infecção secundária que se dá por microrganismos que sobreviveram ao preparo biomecânico e medicação intracanal após o tratamento inicial. A solução irrigadora mais utilizada é o hipoclorito de sódio, sendo uma solução irrigadora muito eficaz contra microrganismos, porém alguns pacientes possuem alergia ao hipoclorito de sódio e é indicado o uso de água de cal que possui ação antimicrobiana e hemostática. O hidróxido de cálcio é o mais indicado como medicação intracanal, porque apresenta propriedade anti-inflamatória, antimicrobiana, mineralizador e reparadora tecidual, mas também pode-se utilizar a clorexidina uma substância antimicrobiana altamente eficaz contra bactérias Gram-positivas, Gram-negativas e fungos. Associado ao tratamento endodôntico convencional utiliza-se a terapia fotodinâmica para a eliminação de microrganismos persistentes ao preparo químico e mecânico.