La obesidad constituye un desafío epidemiológico y social en Chile, asociado a determinantes sociales y territoriales que exceden la responsabilidad individual. En este escenario, los gobiernos locales cumplen un rol estratégico en la promoción de la salud al intervenir sobre entornos y condiciones de vida. Este artículo analiza críticamente la implementación de la Estrategia de Municipios, Comunas y Comunidades Saludables (MCCS) en Antofagasta, Calama y Tocopilla, Chile, durante los ciclos 2019–2021 y 2022–2024, desde una perspectiva de gobernanza territorial, monitoreo institucional y trazabilidad documental, con el fin de identificar barreras, facilitadores y patrones de desempeño local. Se empleó un enfoque cualitativo con diseño descriptivo-comparativo, basado en el análisis documental de 86 registros oficiales, entre ellos planes comunales, informes de monitoreo, convenios, resoluciones y orientaciones normativas, organizados por comuna y período. El análisis consideró dimensiones de gobernanza técnica, financiera, comunitaria, normativa e intersectorial, así como el efecto del contexto crítico 2019–2024 sobre la continuidad, la coordinación y la capacidad de ejecución. Los resultados mostraron trayectorias divergentes. Antofagasta presenta una brecha persistente entre planificación y ejecución, con subejecución financiera, discontinuidad técnica y débil coordinación local. Calama evidencia aprendizaje organizacional y consolidación institucional, con alta ejecución, productos territoriales y fortalecimiento intersectorial. Tocopilla exhibe un desempeño intermedio, con continuidad administrativa, aunque con menor desarrollo evaluativo e intersectorial. Se concluye que la continuidad técnica, la gestión de la información y la trazabilidad del monitoreo inciden en la sostenibilidad de la estrategia y en la equidad territorial.