A mastite é a inflamação mais frequente em animais destinados a produção de leite e a que mais onera a pecuária leiteira (ACOSTA, 2016). Este projeto objetivou avaliar carqueja e linhaça, utilizado para o pré e pós dipping, respectivamente, para a prevenção de mastite, e avaliar o tipo de microbiota existente. Para o projeto, foram utilizados 15 animais em lactação, na fazenda escola da FAZU, Uberaba-MG. Os animais foram divididos em dois momentos: (1) uso de iodo, avaliados após 30 dias e (2) uso de extrato hidroalcoólico de Carqueja (Baccharis trimera) e linhaça (Linum usitatissimum) avaliados após 30 dias. Foram avaliados a microbiota no leite e tetas, pelos testes de contagem de células somáticas (CCS), teste da caneca do fundo preto, California Mastite Test (CMT), Contagem microbiana com Accutreat® e AccuMast® dos dados coletados antes e após os 30 dias de tratamento com carqueja. Foi ainda mensurado pH e características nutricionais do leite por Ecomilk®. Para teste de caneca de fundo preto, todos os animais foram negativos quando usado o antisséptico convencional e fitoterápico. O CMT foi negativo em todos os animais em ambos os antissépticos. No Teste do Álcool, leites que apresentavam coagulação em tratamento com iodo, caíram em 12,38% para a normalidade, em tratamento com a carqueja. No pH, em ambos os tratamentos, as amostras apresentaram resultados dentro do determinado, com pH levemente mais baixo no fitoterápico (P<0,05). CCS do leite sou superior no tratamento com iodo (573,5 UFC/mL) quando comparado ao fitoterápico (335 UFC/mL) (p<0,05). Ecomilk se manteve nos resultados dentro dos parâmetros de qualidade do leite em ambos os tratamentos. AccuMast® obteve uma redução da bactéria Staphilococcus spp. (P<0,05) Accutreat® houve redução das bactérias Streptococcus agalactiae / S. dysgalactiae, S. uberis /Lactococcus spp / Enterococcus spp e Staphylococcus SNA, que são causadoras de mastite. O uso da Carqueja e linhaça trouxeram redução e alteração de microbiota do leite. Sugere-se que haja uma alternância de produtos convencionais a base de iodo e de fitoterápicos, como a carqueja e linhaça, para que haja alterações da microbiota; evitando a resistência dos antissépticos convencionais e consequentemente, redução de mastite na bovinocultura leiteira.