A segunda revolução acadêmica, transcorrida entre os séculos XX e XXI, foi marcada pela integração universidades ao plano social da produção como atores do desenvolvimento socioeconômico regional, selando a interdependência entre as universidades e o setor produtivo. Este artigo objetiva descrever como um paradigma de governo neoliberal é internalizado pelas recentes transformações da autonomia universitária. Para tanto, procede-se à revisão da literatura sobre a universidade empreendedora, discutindo sua economia política à luz do pós-estruturalismo de Michel Foucault e de teóricos do capitalismo cognitivo, como Maurizio Lazzarato e Franco Berardi. A pesquisa sugere que as transformações da autonomia universitária acompanham a dinâmica do capitalismo global e do deslocamento de uma economia industrial a um capitalismo cognitivo ou imaterial. Nela, a autonomia universitária é tensionada como uma forma de governo ajustada ao modelo do capitalismo cognitivo e à abstração financeira, tornando-se o elemento central de um paradigma de governo neoliberal emergente.