RESUMO - A endometriose é condição ginecológica crônica, caracterizada pela presença de tecido semelhante ao endométrio fora da cavidade uterina. Apesar da causa ser complexa e pouco elucidada, estudos sugerem fortes associações entre endometriose e anormalidades no sistema imunológico. Assim é importante determinar a prevalência de fator anti nuclear (FAN) e anti-DNA em pacientes diagnosticadas com endometriose e suas associações. Foi realizado estudo transversal analítico para elucidar o tema. A amostra foi composta por 94 pacientes com diagnóstico de endometriose confirmado por videolaparoscopia e biópsia com estudo anatomopatológico. Como grupo controle foram utilizados 91 pacientes pareados em idade e gênero. Em conclusão, pacientes com endometriose apresentam maior prevalência de FAN em relação ao grupo controle. A positividade do FAN não tem associação com o estadiamento ASRM da endometriose e gravidade da doença. As pacientes com endometriose não apresentaram reatividade para o anticorpo anti-ds-DNA