La naturaleza cumple en Pepita Jiménez una función tripartita: imagen del jardín edénico, locus amoenus, imagen del miedo interior del seminarista ante la idea del amor terrenal y mundano, locus agrestis, e imagen de la pasión de los amantes la noche de San Juan, locus eroticus. Estas funciones, desarrolladas en consonancia con el aprendizaje de la vida mundana a la que se enfrenta Luis de Vargas tras sus años en el seminario, porvocan en él el dilema entre lo eterno por lo temporal, lo increado y suprasensible por lo sensible y creado. Un dilema de conciencia que le invadirá incluso en esa vida idílica descrita al final de la novela. La naturaleza actúa como coadyuvante en el análisis psicológico de las pasiones y afectos de la novela.