Los briófitos y hongos (liquenizados y no liquenizados) son altamente diversos en ecosistemas tropicales, y están relacionados con el funcionamiento de los mismos; sin embargo, la diversidad de estos organismos es aún poco estudiada en Ecuador. A nivel de país se ha reportado alrededor de 1700 especies de briófitos, 900 especies de líquenes y más de 2000 especies de hongos no liquenizados. Se realizó un inventario de briófitos, líquenes y hongos del Parque Universitario "Francisco Vivar Castro" en la Región Sur del Ecuador mediante colecciones al azar. Se registró un total de 152 especies, distribuidas en 74 briófitos, 40 líquenes y 38 macrohongos. Las familias con mayor número de especies de briófitos son Lejeuneaceae, Plagiochilaceae, Frullaniaceae, Radulaceae, Meterioraceae, Neckeraceae y Polytrichaceae. Para líquenes Physciaceae, Parmeliaceae, Lobariaceae y Ramalinaceae fueron las más representativas. Para hongos Polyporaceae, Physalacriaceae y Mycenaceae registraron el mayor número de especies. Concluimos que la zona del Parque Universitario "Francisco Vivar Castro" con las 152 especies alberga una alta diversidad de briofitos y hongos (líquenes y no liquenizados) siendo funcionalmente un refugio de biodiversidad en la hoya de Loja, como ya se ha documentado para plantas vasculares y algunos grupos de fauna. Bajo este contexto, la conservación del remanente de bosque de montaña, es necesario para preservar la alta diversidad de briófitos y hongos en Ecuador.