Desde 2008 han ocurrido florecimientos extensivos de cianobacterias en el lago de Atitlán, Guatemala, principalmente de la especie Limnoraphis robusta (Parakutty), como consecuencia del incremento de los niveles de contaminación y de variaciones climáticas en la cuenca, desconociéndose si las cianobacterias del lago eran capaces de producir toxinas y otros metabolitos secundarios que pudieran ser beneficiosos. En el presente trabajo se investigaron los metabolitos secundarios producidos por L. robusta, aislada y cultivada en el laboratorio, así como cianotoxinas en biomasa de fitoplancton colectada en tres sitios en el lago de Atitlán. Para el análisis de cianotoxinas, se realizaron colectas de biomasa de fitoplancton, por arrastre de red de fitoplancton, en tres sitios en el lago de Atitlán, en tres muestreos realizados entre 2011 y 2012. Las cianotoxinas fueron analizadas por cromatografía de líquidos acoplada a espectrometría de masas (LC/MS), habiéndose encontrado microcistina-LR en dos muestras (una en concentración no cuantificable y la otra de 20.1 ng/g de biomasa seca), colectadas en octubre de 2012, en las cuales L. robusta era la especie fitoplanctónica dominante. Se obtuvieron resultados positivos para flavonoides, saponinas y antraquinonas, no encontrándose presencia de alcaloides. Las bajas concentraciones de microcistina-LR encontrados en la biomasa colectada en el lago no suponen riesgo para la población humana, pero se comprobó que las cianobacterias del lago de Atitlán son capaces de producir microcistinas. Los resultados positivos para saponinas, flavonoides y antraquinonas en L. robusta, son prometedores para la búsqueda de metabolitos con actividad biológica con posibles aplicaciones en la biotecnología.