Endoscópios flexíveis são fundamentais em diversas especialidades médicas; em geral são termossensíveis, semicríticos e submetidos à desinfecção de alto nível. O glutaraldeído é largamente utilizado para este fim, devido à alta compatibilidade e baixo custo, porém, a tolerância de micobactérias e a toxicidade ocupacional pressionam por adoção de germicidas alternativos. Foi realizada revisão sistemática com objetivo de buscar evidências sobre a efetividade, toxicidade e potenciais danos causados aos endoscópios pelos germicidas, alternativos ao glutaraldeído, disponíveis no mercado brasileiro. Foram identificadas, em 13 bases eletrônicas, 822 publicações, entre 2008 e 2013. Destas, foram selecionados 23 estudos, considerando a melhor qualidade de evidência disponível. As publicações apontaram para a superioridade do ácido peracético e do ortoftalaldeído quanto à eficácia na desinfecção de alto nível. Somente o ortoftalaldeído apresentou evento adverso claramente relacionado à sua utilização. Não há evidências suficientes para afirmar que algum destes germicidas possui maior potencial de danos aos equipamentos.Desinfecção; Endoscópios; Glutaraldeído; Toxicidade.