La contaminación agrícola por el uso de las aguas residuales producida en los valles de las quebradas San Mateo, Colpa Mayo, San Juan y Río Chotano, se desarrolló con el objetivo de demostrar el índice de contaminación de la producción agrícola, la investigación fue experimental, que consistió en análisis microbiológico de 3 muestras de repollo, 4 de papa, 2 de racacha, 1 de lechuga, 2 de acelga, 1 de cebolla y 2 de berenjena irrigadas específicamente con aguas residuales provenientes de la ciudad de Chota y que son transportadas por las quebradas y ríos indicados, entre los resultados relevantes se destacan que los agentes contaminantes de la producción agrícola en los valles de las quebradas y ríos irrigados con aguas residuales, lo constituyen los grupos coliformes totales, coliformes fecales, estreptococos y enterococos, y salmonella, los datos conllevan a concluir que la producción agrícola que se cultiva en los valles que utilizan aguas residuales como riego están contaminados y no son aceptables para el consumo humano.