Las parasitosis producidas por protozoarios y helmintos constituyen problemas sanitarios en la crianza productiva de cuyes (C) raza Perú; sin embargo, conocimientos relacionados a su etiología, dinámica de infección y epidemiología son limitados. Esto dificulta el diseño de programas de control óptimo y rentable. Se identificó la presencia de parásitos gastrointestinales en C de comunidades de Huando, Mariscal Cáceres y Yauli, Huancavelica-Perú, determinándose la fauna, frecuencia, carga parasitaria, grado de infección y su relación con procedencias y sexo. Se muestrearon 156 C entre ambos sexos, se recolectó 20 gramos (g) de heces por animal y se analizaron por técnicas coprológicas de flotación – sedimentación, Ziehl–Neelsen modificada y McMaster Modificado. La prevalencia de endoparásitos fue 82,5 %: siendo los protozoarios más frecuentes con 82,7 %, que los Nematodos, con 38,5 %. Eimeria caviae tuvo frecuencias de 85,7; 80,0 y 83,3 % en comunidades de Huando, Mariscal Cáceres y Yauli, respectivamente. Strongyloides spp. y Trichuris spp. presentaron frecuencias de 35,7 y 28,6 % para Huando. E. caviae (12-30 %) y Cryptosporidium spp. (5-12 %) en C procedentes de Huando y Mariscal Cáceres. Los promedios de carga parasitaria, expresada en ooquistes por g para E. caviae fueron 1.029,17 en Huando, para Mariscal Cáceres 571,43 y en Yauli 1.126,67, el resto de parásitos presentaron carga de huevos de valores mínimos con grado de infección baja (≤ 200 huevos por g). La E. caviae, Cryptosporidium spp. y Strongyloides spp. fueron los más frecuentes, con altas cargas parasitarias y grado infección en C productoras.