O objetvo deste trabalho foi caracterizar morfológica e molecularmente os acessos de arroz do banco de germoplasma da Empresa de Pesquisa Agropecuária e Extensão Rural de Santa Catarina (Epagri) por meio de 30 descritores morfológicos e 111 marcadores AFLP. A caracterização morfológica indicou que há ampla diversidade genétca entre osacessos, e muitas característcas agronomicamente interessantes foram identfcadas para utlização no melhoramento genétco desse cereal. A análise de agrupamento da caracterização morfológica revelou maior divergência entre os grandes grupos, enquanto a caracterização molecular foi muito efciente na detecção da variabilidade entre os acessos. A análise commarcadores moleculares mostrou 40% de variabilidade genétca entre os acessos. Também foi evidenciado o estreitamento da base genétca dos cultvares recomendados para o sul do Brasil. No entanto, algumas linhagens e o cultvar SCS114 Andosan têm ampla divergência genétca na comparação com os demais cultvares. A organização do banco de germoplasma e a riqueza de informações a respeito da diversidade nele contda serão importantes para facilitar e aumentar o uso dos acessos do bancode germoplasma no melhoramento genétco de arroz e no seu intercâmbio.