La performance des universités marocaines a été profondément transformée en quelques années par les évolutions qui ont touché l’ensemble du secteur public au Maroc, conduisant à promouvoir et installer une véritable quête de la performance publique. Le développement d’une culture gestionnaire a conduit les universités Marocaines à développer des outils de mesure de la performance pour répondre aux nouveaux enjeux découlant de ces évolutions. Cet article étudie l’impact des outils de mesure (Programmes et BSC) sur la performance des universités. Une démarche méthodologique découplant les dimensions de la performance et s’appuyant sur les programmes de la Loi organique relative à la loi des finances N°130-13 (LOLF) et les axes du Balanced scorecard (BSC), une démarche exploratoire utilisant l’étude de cas multiples puis la recherche-intervention, contribue à l'élaboration, dans une université, d’un système de contrôle et de pilotage finalisé par un Balanced Scorecard des universités et une carte stratégique.