Se ha comprobado que la exposición a bioaerosoles se asocia con varios efectos sobre la salud, como enfermedades pulmonares y alergias. El presente estudio transversal tuvo como objetivo investigar la contaminación por hongos en varias superficies pertenecientes a dos industrias de alimentos. La toma de muestra se realizó en tres semanales, inmediatamente después de realizada la limpieza y desinfección y antes de iniciar la producción. Se recolectaron 400 muestras de superficie (vidrio, acero inoxidable, aluminio, goma y plástico), también se evaluó la eficacia del programa de higienización en el control de la población de hongos. Todas las muestras presentaron recuentos fúngicos <10 ufc/cm2, sin haber diferencias significativas entre los tipos de superficie, sin embargo, las superficies plásticas exhibieron mayor crecimiento logarítmico de los hongos. Se determinó que 49,60% de las especies identificadas correspondieron al género Penicillium. Aunque los niveles de hongos en las industrias estudiadas fueron inferiores a los niveles recomendados por la Organización Mundial de la Salud, algunas medidas de salud ambiental como lavar y desinfectar las superficies después de cada turno de trabajo, y se recomiendan inspecciones periódicas para garantizar la seguridad de los trabajadores y de los productos que allí se manufacturan