La alergia respiratoria impacta la calidad de vida de millones de personas a nivel mundial y se manifiesta comúnmente como rinitis alérgica, conjuntivitis, estornudos, dificultad para respirar y asma. Estos trastornos son ocasionados por respuestas exacerbadas del sistema inmunológico en pacientes sensibilizados por agentes ambientales generalmente inocuos y, principalmente, de naturaleza proteínica denominados alérgenos. En el Laboratorio de Proteómica del ciad se realizan investigaciones para identificar las proteínas alergénicas presentes en pólenes del desierto de Sonora con relevancia clínica para, a partir de ese conocimiento, diseñar estrategias diagnósticas y terapéuticas para la alergia al polen en estas especies. Para ello, se han empleado técnicas proteómicas con un enfoque inmunoproteómico, utilizando Western blot para la detección de proteínas alergénicas, usando la IgE del suero de pacientes alérgicos como anticuerpo primario. Las proteínas inmunodetectadas son cortadas de un gel bidimensional de poliacrilamida y digeridas con tripsina para su identificación por cromatografía de líquidos acoplada espectrometría de masas en tándem (LC-MS/MS) y análisis bioninformáticos. Hemos identificado alérgenos de relevancia clínica, como la triosa fosfato isomerasa, poligalacturonasa, enolasa y profilina, siendo esta última responsable de la reactividad cruzada entre pólenes y alimentos vegetales frescos, y la enolasa, antes considerada alérgeno exclusivo en hongos, y que ha emergido recientemente como un alérgeno relevante en el polen y otras fuentes. Aplicando inmunoproteómica en conjunto con herramientas bioinformáticas, se ha confirmado la alergenicidad y se han difundido los primeros reportes y predicciones sobre alérgenos de fuentes con relevancia clínica presentes en el desierto de Sonora. Por ejemplo: Carya illinoinensis (nogal pecanero), Prosopis velutina (mezquite terciopelado) y Parkinsonia microphylla (palo verde). Estos pólenes predominantes en el desierto de Sonora no habían sido explorados, pero se ha comprobado que tienen un fuerte impacto en la salud y calidad de vida de las personas alérgicas en la región. La aplicación de la inmunoproteómica permitió explorar nuevas y relevantes fuentes de alérgenos, lo cual es esencial para un diagnóstico y tratamiento más eficiente y seguro. Estas investigaciones están abriendo nuevas perspectivas para la comprensión y el abordaje de esta problemática de salud pública global.