Pasca terbitnya Undang-Undang Nomor 3 Tahun 2006 tentang Perubahan atas Undang-Undang Nomor 7 Tahun 1989 tentang Peradilan Agama yang menegaskan kompetensi dan kewenangan Peradilan Agama dalam memeriksa, mengadili, dan menyelesaikan perkara ekonomi syariah. Namun adanya payung hukum tersebut belum diimbangi oleh keberadaan hakim yang tersertifikasi ekonomi syariah yang merata di pengadilan agama seluruh Indonesia. Muncul gagasan untuk membentuk pengadilan niaga syariah yang dikuatkan oleh tinjauan sosiologis-historis, tinjauan yuridis, dan tinjauan faktual mendukung dibentuknya Pengadilan Niaga Syariah. Terlebih lagi pembentukan pengadilan niaga syariah akan menyelesaikan sebagian permasalahan ekonomi syariah yang berupa kesenjangan kelembagaan peradilan umum dan peradilan agama, penguatan konsep one roof system antar peradilan, efisiensi penempatan hakim agama yang telah tersertifikasi, mewujudkan pengadilan di lingkungan peradilan agama yang memiliki kompetensi dan profesionalisme dalam penyelesaian perkara ekonomi syariah, serta juga menjalankan amanat Penjelasan Pasal I Angka 2 Pasal 3A Ayat (1) Undang-Undang Nomor 50 Tahun 2009 tentang Perubahan Kedua atas Undang-Undang Nomor 7 Tahun 1989 tentang Peradilan Agama.