Pengangkatan penjabat kepala daerah sejumlah kabupaten termasuk kabupaten Pulau Morotai menuai polemik, karena Mendagri dianggap mengabaikan usulan gubernur. Tindakan Mendagri tersebut dikualifikasi sebagai malpraktek dalam tata kelola pemerintahan. Bahkan melecehkan wibawa gubernur sebagai wakil pemerintah pusat di daerah. Sejumlah akademisi dan aktivis pro demokrasi menyayangkan tindakan Mendagri yang menggampangkan masalah hukum. Sebab Indonesia adalah negara hukum yang bermakna semua tindakan pejabat Negara atau siapa saja yang harus memperhatikan ketentuan hukum yang berlaku. Menurut mereka, Pengangkatan Pj Kepala daerah menciptakan banyak masalah. Mulai dari celah potensi oknum tertentu menitipkan kepentingan politiknya, Politisasi ASN Pemda dan Politisasi Bantuan Sosial kepada masyarakat, hingga mutasi pegawai karena beda kepentingan politik, sehingga birokrasi akhirnya cenderung terseret politik.Mereka bukan serving the people, melainkan menjadi serving the boss yang lagi mau mendapatkan kursi. Pengangkatan Penjabat kepala daerah dalam waktu yang lama juga menimbulkan permasalahan, terutama aspek otonomi daerah, rentan terjadi praktik suap, dan rawan akan abuse of power. Kekhawatiran praktik suap bisa saja terjadi.Karena pejabat di tingkat desa saja berpotensi terjadi praktik jual beli jabatan, apalagi pengisian jabatan kepala daerah di tingkat Kabupaten/Kota dan Provinsi. Pengangkatan melalui penunjukan penjabat yang tidak transparan dan tidak demokratis akan memberi ruang bagi kepentingan-kepentingan politik dari pusat ke level daerah. Perlunya regulasi yang mengatur pengangkatan penjabat kepala daerah yang tidak menimbulkan polemik dan menciderai rasa keadilan bagi keberlangsungan otonomi daerah.