Diversos são os motivos para valorar uma empresa. No judiciário a valoração de uma empresa é apresentada como apuração de haveres e, geralmente, há conflito de interesses entre os sócios. Nesse desacordo, nasce a figura do perito contador com o propósito de suprir a falta de conhecimento especializado e fornecer subsídios ao juízo para a justa solução do litígio. No desenvolvimento do seu trabalho, o perito contador pode se deparar com circunstâncias que dificultam o seu trabalho. O presente artigo teve como objetivo identificar quais são as principais dificuldades encontradas pelo perito contador na apuração de haveres em processos judiciais. Utilizando uma pesquisa de caráter descritiva e qualitativa, os dados foram obtidos por meio de aplicação de questionário com 13 questões, enviados para 45 peritos contadores com atuação na cidade de São Paulo em apurações de haveres no âmbito do Poder Judiciário, no período de 06/11/2019 a 11/11/2019. Ao todo, foram recebidos 24 questionários respondidos. O estudo constatou que as principais dificuldades do perito contador na apuração de haveres em processos judiciais são: valoração do estoque, intangível e goodwill, bem como valorar todos os elementos patrimoniais quando presentes circunstâncias que dificultam o desenvolvimento do seu trabalho. Sendo tais circunstâncias: falta de escrituração contábil ou deficitária, ausência de documentos que dão suporte aos fatos contábeis, inexistência do balanço especial à época da resolução societária e a omissão de dados e/ou informações pelas partes envolvidas no litígio.