El acuífero Cuautitlán-Pachuca ocupa la porción norte de la cuenca del Valle de México, justificando su nombre por la presencia de Cuautitlán en el Estado de México y Pachuca en el estado de Hidalgo. Dicho acuífero en la actualidad esta sobreexplotado. Por tal motivo en este trabajo se estimó la sustentabilidad del acuífero, utilizando el marco para la evaluación de sistemas de manejo de recursos naturales incorporando indicadores de sustentabilidad (MESMIS). Se realizó un estudio longitudinal comparando dos sistemas, el primero se analizó para el periodo 1970-1990 (sistema de referencia) y el segundo para el periodo 1991-2010 (sistema alternativo). Se analizaron 14 indicadores ambientales, económicos y sociales, para los dos periodos de tiempo. Encontrándose que los aspectos ambientales y económicos presentan los mayores rezagos con el paso de los años, en el caso de los indicadores sociales mostraron avances hacia la equidad. También se encontró que 9 de los indicadores presentaron mayor cercanía al valor óptimo propuesto en el sistema de referencia y solo cinco mostraron un acercamiento hacia el óptimo en el sistema alternativo. Los resultados muestran que el acuífero es menos sustentable en la actualidad.