El aprovechamiento forestal basado en la extracción de individuos fenotípicamente superiores, al igual que otros factores, podría hacer degenerar el bosque al dejar árboles de menor calidad y disminuir la diversidad genética. La población de Juglans pyriformis en San José Buenavista, Veracruz (SJB), ha sido reducida por actividades agropecuarias y aprovechamiento forestal con fines maderables bajo el método silvícola de Selección Individual, mientras que la población de Coacoatzintla, Veracruz (COA), se ha reducido por cambios de uso de suelo y explotación clandestina. El objetivo fue determinar los niveles de variación fenotípica de J. pyriformis en SJB y contrastarla con la variación encontrada en la población de COA en un estudio previo, utilizando la misma metodología. En SJB el análisis de componentes principales identificó tres indicadores, FUSTE, COPA y ALT-DIAM, con un coeficiente de variación alto 26, 30 y 42 % respectivamente. El análisis de conglomerados mostró dos grupos de árboles, y el estadístico de Levene fue significativo (P<0.05) para el indicador COPA (0.030) y ALT-DIAM (0.161). Los resultados muestran una menor variación morfológica en la población de San José Buenavista en contraste con la población de Coacoatzintla.