Beyin sapı olarak adlandırılan bölüm, beyin yarım küreleri arasında sıkışmış olup, serebrum ile omurilik arasında bir geçiş yeridir. Kafatasının arka çukurluğunda yer alırken, IV. beyin ventrikülünün oluşumuna da katkı sağlar. Hayati fonksiyonların kontrolünde (solunum sayısı, kalp atımı…) rol oynayan çekirdekleri içermesine ilaveten 12 çift kranial sinirin 10 tanesinin çekirdekleri de burada yer alır. Ayrıca omurilikten, beyin korteksine giden afferent yollar veya beyin korteksinden omuriliğe giden efferent yollar da kavşak yeri olan beyin sapından geçerler. Beyin sapının proksimalden-distale doğru üç temel alt bölümden oluştuğu görülür: Mesencephalon, Pons ve Medulla oblongata/Bulbus. Bu bölümde bu üç temel yapı hakkında anatomik bilgiler verilecektir.