A administração de hospitais que fazem parte do terceiro setor é um aspecto muito importante a ser considerado pelas pesquisas científicas, tendo em vista o número considerável dessas instituições que tem encerrado suas atividades ou ficado com sua capacidade de atendimento comprometida em virtude de dívidas e má gestão. O objetivo deste estudo foi discutir sobre os desafios da administração hospitalar em instituições do terceiro setor e como a prática administrativa eficiente contribui para a efetividade da manutenção dos serviços oferecidos por essas instituições. Trata-se de uma pesquisa descritiva de revisão bibliográfica. Os resultados indicam que os hospitais filantrópicos são responsáveis pelo oferecimento de 50% do número de leitos ofertados pelo SUS, os principais desafios da administração dessas instituições é a gestão de um número reduzido de recursos; além de criar uma articulação entre os interesses dos mantenedores, do corpo médico e da gestão administrativa efetivando ações que envolvem a melhor aplicação dos recursos financeiros. O estudo conclui que a falta de conhecimento técnico dos gestores administrativos tem sido uma das razões que comprometem o funcionamento dos hospitais filantrópicos.