Postupci uzorkovanja za mikrobiološku analizu hrane mogu utjecati na krajnji rezultat mikrobiološke pretrage. Uzorkovanje trebaju provoditi educirane i stručne osobe; pribor i oprema za uzorkovanje moraju biti sterilni; uzorak koji se uzorkuje mora biti reprezentativan, što znači da mora predstavljati jednu seriju ili lot proizvoda iz koje je uzet. Vrlo je važno uzorkovati dostatnu količinu uzorka koja je dovoljna za mikrobiološku analizu. Transport uzoraka do laboratorija i početak pretrage mora se provesti u što kraćem vremenu uz poštivanje temperaturnog režima. Sa svim se uzorcima treba postupati tako da bi se izbjeglo bilo kakvo oštećenje ambalaže. Uzorci moraju biti propisno upakirani te pravilno označeni. Osoba u poslovanju s hranom sam određuje učestalost uzorkovanja hrane, vode i površina koje dolaze u dodir s hranom koja je definirana planom samokontrole, a nadležna tijela kontroliraju provedbu propisanih planova. Osim uzorkovanja tijekom samokontrole koje provode osobe u poslovanju s hranom u Republici Hrvatskoj postoje i službene kontrole koje su propisane od nadležnih tijela u Republici Hrvatskoj, a to je Uprava za veterinarstvo i sigurnost hrane Ministarstva poljoprivrede.