La participación ciudadana ha sido recientemente incorporada en el diseño e implementación de diferentes políticas públicas, pero quienes participan han criticado a menudo que existe poco espacio para las modalidades autónomas de participación ciudadana dentro de los marcos institucionales. ¿Cuáles son los rasgos específicos de los procesos autónomos de participación ciudadana comparados a los más institucionales? ¿Cómo se desarrolla la participación autónoma? Este artículo expone algunos aspectos metodológicos de la participación autónoma. Presentamos una experiencia de investigación activista autónoma desarrollada con el movimiento de okupaciones de Madrid durante dos años y medio. En particular, nos centramos en las decisiones metodológicas adoptadas por los investigadores-activistas y describimos las principales contribuciones de este proceso participativo. De este modo, argumentamos que este proceso de investigación-activista se fundamentó en tres estrategias que proporcionaron un entorno productivo para la implicación de los participantes: a) un grupo de investigadores activistas abierto, horizontal y autogestionado; b) un compromiso con el “open-source” y “copy-left” para garantizar un acceso igualitario a la producción de conocimiento; c) un enfoque metodológico cualitativo y comprensivo que permitió reunir un amplio rango de informaciones e integrar la diversidad social presente en el movimiento de okupaciones.