Los seminarios españoles vivieron, a lo largo del siglo XIX, un proceso de profunda decadencia, fruto de la inestable situación política y eclesial del país. Falta de nivel intelectual, declive de la teología y problemas de disciplina se unieron a las tensiones políticas y a los conflictos de poder dentro de las élites eclesiásticas. Durante la Restauración se produjeron numerosos motines, entre ellos el ocurrido en 1897 en Toledo. El conflicto vivido en el seminario fue un reflejo de las tensiones existentes en la propia curia y cabildo toledano. Solo la llegada del nuevo prelado, Sancha, permitiría acometer las reformas necesarias para la renovación de la institución.