Pembangunan dermaga Pondokdayung dengan struktur pemecah gelombangnya memiliki pengaruh terhadap pola arus yang terjadi di pintu masuk dermaga tersebut. Pola arus yang terjadi ditambah pola angin pada area tersebut akan mempengaruhi olah gerak kapal yang melintas masuk ke dalam dermaga. Dalam penelitian ini disimulasikan melalui perangkat lunak pemodelan numerik ADCIRC 2DDI dengan antar muka program SMS 9.1, pembangunan pangkalan TNI AL Pondokdayung telah selesai dibangun lengkap dengan struktur pemecah gelombangnya. Pada titik tepat di depan pintu masuk dermaga diunduh data kecepatan dan arah arus selama 1 bulan. Data tersebut beserta data angin hasil survei Dishidros 2009, dimasukkan ke dalam rumusan untuk menghitung gaya arus dan gaya angin yang diterima kapal. Hasil simulasi dan penghitungan gaya angin dan gaya arus menunjukkan angin memiliki pengaruh lebih dominan dibandingkan dengan arus terhadap olah gerak kapal di pintu masuk dermaga. Besar pengaruh itu ditentukan oleh beberapa faktor, antara lain: kecepatan, sudut datang terhadap badan kapal dan luasan penampang kapal yang tertiup angin.