Resumo Fundamento: O fondaparinux é um anticoagulante eficaz e seguro usado no tratamento de síndromes coronarianas agudas (SCAs). No entanto, devido à baixa representatividade de indivíduos obesos em ensaios clínicos, os efeitos de se aplicar os resultados desse medicamento nesta população continuam incertos. Objetivos: Comparar o fondaparinux à enoxaparina no tratamento de obesos com SCA. Métodos: Este é um estudo do tipo coorte retrospectivo, incluindo indivíduos obesos (IMC ≥ 30 Kg/m2) internados com Infarto do Miocárdio sem Elevação do Segmento ST (IAMSSST) ou Angina Instável (AI) e tratados com fondaparinux ou enoxaparina entre 2010 e 2020. Os grupos que receberam fondaparinux e enoxaparina foram comparados quanto suas características clínicas e laboratoriais usando o teste do qui-quadrado e o teste de Mann-Whitney, conforme apropriado. A incidência dos desfechos primários (morte, reinfarto, acidente vascular cerebral, sangramento maior) foi comparada entre os grupos. Um p<0,05 foi considerado estatisticamente significativo em todas as análises. Resultados: Um total de 367 pacientes obesos com IAMSSST ou AI foi incluído, dos quais 258 usaram fondaparinux e 109 usaram enoxaparina. A idade média foi 64 ± 12 anos, 52,9% eram do sexo masculino. A prevalência e diabetes, hipertensão, dislipidemia, doença arterial coronariana prévia, acidente vascular cerebral prévio, e implementação de estratégia invasiva foi similar entre os grupos. A incidência do desfecho primário foi 4,7% no grupo fondaparinux e 5,5% no grupo enoxaparina (p = 0,729). Não houve diferença entre os grupos quando os componentes do desfecho primário foram analisados separadamente. Conclusão: Em uma amostra de pacientes obesos com IAMSSST ou AI, não houve diferença na ocorrência do desfecho composto (morte, acidente vascular cerebral, reinfarto, sangramento maior) entre os pacientes que utilizaram fondaparinux ou enoxaparina.