Os potenciais riscos associados à exposição às microcistinas (MCs) requerem o desenvolvimento de pesquisas voltadas para métodos de análise visando ao monitoramento eficiente e rápido de águas. O trabalho avaliou a aplicação dos imunoensaios ELISA desenvolvido em laboratório (LABicELISA) e o comercial (kit ELISA) para detecção de MCs em águas (n=22). O LABicELISA demonstrou ser mais sensível que o kit ELISA, apresentando limite de quantificação de 0,05 e 0,12 µg.L-1, respectivamente. Os resultados demonstraram que ambos os imunoensaios foram eficientes para detecção e análise de MCs em diferentes tipos de água (sintéticas, de mananciais destinados ao abastecimento e de reservatórios), com coeficiente de correlação de 0,997 e forte correlação na exatidão e precisão. O emprego do LABicELISA proporcionou análise com custo aproximado e reduzido de 100 vezes em relação ao do kit ELISA, podendo assim, aplicar em larga escala de abrangência para monitoramento de mananciais superficiais no país.