Objetivo: Analisar o índice de transporte (IT) e a capacidade de centralização (CC) do preparo do canal radicular com diferentes instrumentos de níquel-titânio por meio da tomografia computadorizada de feixe cônico (TCFC). Material e Métodos: Quarenta e cinco canais mesiovestibulares de molares inferiores prototipados foram aleatoriamente distribuídos em 03 grupos (n=15), conforme o instrumento rotatório empregado: G1. BioRace®; G2. V-File®; G3. Protaper Next®. Imagens de TCFC foram realizadas antes e após o preparo dos canais radiculares. As mensurações foram realizadas por dois examinadores utilizando-se o software OsiriX® DICOM Viewer. Estabeleceu-se o nível de 3 mm abaixo da furca para a realização das mensurações nas imagens. O IT e CC foram analisados conforme metodologia proposta por Gambill et al (1996). Os dados e os valores obtidos foram avaliados pelo teste de Kruskal-Wallis e o nível de significância foi de 5%. Resultados: Todos os instrumentos analisados apresentaram transporte e descentralização. BioRace® e V-File® apresentaram tendência ao transporte para o sentido distal, enquanto o Protaper Next® apresentou tendência para o sentido mesial, porém não foram encontradas diferenças entre os grupos (p>0,05). Não se verificou CC perfeita (=1,0) após o uso dos instrumentos testados. Conclusão: Nenhum instrumento acionado em cinemática de rotação contínua ou reciprocante mostrou ausência de transporte ou capacidade de centralização do canal.