En las sociedades con transmisión paterna de los apellidos, la distribución de los mismos debería seguir el mismo recorrido que los linajes del cromosoma Y. Se evalúa esta hipótesis mediante la definición de haplotipos de microsatélites del cromosoma Y en ciento setenta y cinco individuos del Noroeste Argentino, que abarcan noventa y cinco apellidos. Se compararon estas dos fuentes de información, buscando concordancias entre y dentro de apellidos, trazando redes medianas, estimando el tiempo de divergencia y comparando los resultados obtenidos con la base de datos internacional YHRD. Se establecieron dos haplotipos nodales, uno nativo americano y otro de origen europeo, rodeados por el resto de los haplotipos. En un solo caso se encontró concordancia entre apellidos y los perfiles establecidos mediante microsatélites del cromosoma Y, y también se reconocieron linajes genéticos que involucraban diferentes apellidos. A su vez, para definir si las divergencias se debían a polifiletismo o a mutaciones recientes, se estimó la distancia temporal entre las muestras del mismo apellido y haplogrupo, encontrando que en cerca de la mitad de estos casos esta profundidad temporal excedía el origen de los apellidos. Estos datos sugieren que la transmisión irregular del apellido en el Noroeste Argentino fue más elevada que aquella encontrada en otros países. Asimismo, las similitudes entre ambos tipos de linajes no debe ser dada por sentado.