Recibido: 09 de abril de 2019Aprobado: 20 de mayo de 2019El presente artículo es un estudio descriptivo que cumple con el objetivo de identificar la aplicación de medidas de control para mejorar la asepsia en la atención neonatal, mediante un estudio microbiológico de un Hospital ubicado al sur del Ecuador. Para lo cual se aplicó el método de Inoculación, mediante la técnica de sedimentación en placa, método de aislamiento, método Gravimétrico, Método Volumétrico, método McFarland, se aplicaron pruebas bioquímicas y enzimáticas. Las muestras ambientales (cajas petri) fueron procesadas en el área de bacteriología según el Protocolo de Toma de Muestra de Ambiente, establecido por el Hospital en estudio. Se determinó mediante el estudio microbiológico que la presencia de microorganismos en ambiente del área de neonatología de un Hospital ubicado al Sur del Ecuador fue de <5 Unidades Formadores de Colonias por cada muestra positiva analizada y se identificó al S. epidermis como el agente con mayor frecuencia por ostentarse por 4 ocasiones y se identificó a la Unidad de Cuidados Básicos como la unidad con mayor continuidad de colonias por presentar un crecimiento de 11 colonias bacterianas; concluyendo que la presencia de microorganismos en el Hospital estudiado fue mínima. De los 14 muestreos realizados, se destaca S. epidermis en un 80%, S. saprophyticus 12%, E. coli en un 4% y Serratia marcescens 4%. Al comparar los resultados obtenidos en las unidades de estudio con la Norma UNE‐EN‐ISO 14698‐1/2:2006 se clasificó como ambientes muy limpios, sin evidenciar riesgo para la salud de los recién nacidos.