Los ecosistemas de agua dulce están expuestos a presiones antropogénicas que alteran el ambiente e influyen sobre las comunidades de macroinvertebrados. El objetivo de esta investigación fue estimar la diversidad taxonómica de macroinvertebrados acuáticos en manantiales de dos microcuencas pertenecientes a la subcuenca río Copalita, para determinar la estructura y la conservación de los manantiales. El estudio se realizó en mayo de 2022 en ocho manantiales. La recolecta de macroinvertebrados acuáticos se realizó mediante el uso de una red tipo D. Se calcularon índices de diversidad de Shannon y Wiener (H’), diversidad de Simpson (λ), similitud de Jaccard (IJ), equitatividad de Pielou (J’), riqueza (S) dominancia (D). Se determinó la correlación existente entre las variables utilizando Rho de Spearman (p ≤ 0,05), se realizaron análisis clúster del índice y el porcentaje de similitud de Jaccard. Los manantiales en estudio son de tipo helocreno y reocreno, el sitio con mayor diversidad fue Arroyo Guajolote, caracterizado por una menor perturbación en su origen y no es aprovechado para abastecimiento humano. Se necesita un plan de manejo para conservar estos ecosistemas con el fin de garantizar una buena calidad de los servicios ambientales brindados.