La diversidad genética presente en poblaciones nativas de frijol (Phaseolus vulgaris L.) tipo negro de México, se evaluó en una muestra de 50 de poblaciones de frijol común provenientes de diferentes regiones geográficas, con 20 sistemas isoenzimáticos. Los extractos isoenzimáticos fueron obtenidos por maceración de radículas de cinco plántulas. Seis isoenzimas mostraron polimorfismo: Ácido shikímico deshidrogenasa (SAD) con dos loci; Diaforasa (DIA) con cinco loci; Enzima málica (ME) con dos loci; Esterasa (EST) con dos loci; Fosfohexosa isomerasa (PHI) con tres loci y Malato deshidrogenasa (MDH) con dos loci. De 16 loci en total, 11 resultaron polimórficos con un porcentaje de polimorfismo de 68.7 %. El grado de polimorfismo por locus varió de uno a seis y en promedio fue de tres alelos por locus. El análisis de conglomerados, con base en las distancias genéticas de Nei y el método de ligamiento promedio (UPGMA), mostró que las poblaciones del trópico y zona centro de México mostraron la mayor diversidad genética. Se logró establecer un patrón de distribución con base en alelos específicos, y dentro de cada grupo se observó una distribución continua de la diversidad. La técnica usada mostró la amplitud de la distribución de la diversidad genética existente en poblaciones nativas de frijol tipo negro en México, así como su utilidad para la caracterización de la diversidad genética en esta especie.