Se estudió la estructura de la diversidad genética en 15 loci isoenzimáticos de 19 poblaciones naturales de Pinus greggii Engelm. con la finalidad de determinar el grado de variabilidad genética de la especie y el nivel de diferenciación genética existente entre sus poblaciones. Los resultados mostraron que existe una amplia diversidad genética en la especie (93 % de loci polimórficos, 3.5 alelos por locus), pero esa diversidad es relativamente baja a nivel de poblaciones (31.9 % de loci polimórficos y 1.6 alelos por locus), con una proporción elevada de alelos raros (47 %) y alelos “privados” (23 %) en ellas. Aunque se encontró una alta diferenciación genética entre las poblaciones (Fst = 0.379), esta diferenciación no estuvo asociada a las regiones geográficas (2 %), a diferencia del patrón geográfico reportado para las características morfológicas y de crecimiento de los árboles. Las distancias genéticas promedio entre pares de poblaciones fueron similares en las dos regiones geográficas; sin embargo, sólo en la región norte se encontró una correlación positiva y significativa (r = 0.48) entre las distancias genéticas y geográficas de las poblaciones.