A influência do gradiente ambiental na estrutura e no estoque de carbono pode auxiliar na compreensão da estocagem de carbono na Mata Atlântica e na tomada de decisão sobre metodologias e espécies a serem usadas na restauração ecológica do bioma nos diferentes gradientes. A estrutura e o estoque de carbono em duas porções do terreno, borda e interior, foram avaliados. A ordenação das comunidades foi verificada pela análise de escalonamento multidimensional não métrica (NMDS) e a análise de espécies indicadoras (ISA) foi realizada. O efeito de borda influencia na diferenciação da composição florística e estrutura entre os dois estratos e provocou diferença significativa ANOVA (p-valor = 0,002) a 5% de significância no estoque de carbono. Na região da borda foi encontrada uma estimativa de 45,43 MgC ha-1 e no interior 63,71 MgC ha-1. As espécies Aparisthmium cordatum (A.Juss.) Baill. e Cupania vernalis Cambess. são indicadoras do ambiente de borda no fragmento. Já na região do interior as espécies Apuleia leiocarpa (Vogel) J.F.Macbr., Coussarea verticillata Müll.Arg., Dalbergia nigra (Vell.) Allemao ex Benth e Melanoxylon brauna Schott foram significativas pelo teste de Monte Carlo. Conclui-se que o efeito de borda afeta a estrutura, diversidade e estoque de carbono no fragmento florestal.