El objetivo de investigación fue establecer la relación que existe entre el funcionamiento familiar y los niveles de logro de aprendizaje de los estudiantes de la Institución Educativa Alipio Ponce Vásquez de Puerto Maldonado. El enfoque de investigación fue cuantitativo, el diseño fue no experimental y el tipo descriptivo correlacional de corte transversal. La población estuvo conformada por todos los estudiantes del quinto y sexto grado del nivel primario de la Institución Educativa Alipio Ponce Vásquez y se trabajó con una muestra de 98 estudiantes la cual fue obtenida mediante un muestreo probabilístico. La técnica utilizada para la recolección de datos fue la encuesta, en el caso de la variable funcionamiento familiar y el análisis documental en el caso de la variable niveles de logro de aprendizaje. Por otra parte, los instrumentos de recolección de datos fueron la Escala de Evaluación de Cohesión y Adaptabilidad Familiar y el acta consolidada de evaluación integral del nivel primario. Los resultados indicaron que existe correlación moderada, directa y significativa entre el funcionamiento familiar y los niveles de logro de aprendizaje de los estudiantes. El coeficiente de correlación rho de Spearman fue de 0,501 con un p-valor inferior al nivel de significancia (p=0,000<0,05). Se concluyó que el funcionamiento familiar percibido por los estudiantes es poco saludable y tiende a ser disfuncional, lo cual genera que los estudiantes no alcancen óptimos niveles de logro de aprendizaje.