Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui komponen keragaman manakah yang paling mempengaruhi pada hasil tanaman jagung merah lokal serta nilai heritabilitas yang diakibatkan oleh ragam lingkungan atau ragam genetik. Penelitian ini dilakukan di kebun percobaan Fakultas Pertanian Universitas Khairun Ternate, dengan ketinggian tempat 80 m dpl, mulai bulan September - November 2016. Metode yang digunakan pada penelitian ini adalah observasi langsung dan deskripsi heritabilitas genotip. Hasil analisis ragam karakter kuantitatif yang diperoleh menunjukkan keragaman genetik yang sempit nilai berkisar dari 2,00–42,19% ( agak rendah) dan 1,60-39,16% (rendah) di ikuti dengan nilai heritabilitas dalam arti luas yaitu 0,63-0,9%. Karakter kualitatif dengan peubah warna biji, warna bunga jantan, warna batang dan warna bunga betina dikendalikan oleh 2-3 gen dengan aksi gen Epistasis.Kata Kunci: Jagung Merah, Keragaman Genetik, Heritabilitas, Segregasi