La tripanosomiasis africana humana es producida por protozoos del género Tripanosoma y se transmite fundamentalmente por la picadura de la mosca tse-tsé. Durante el último siglo, Cuba ha prestado ayuda internacional en muchos países que sufren estas epidemias y sus colaboradores están expuestos al riesgo de padecerlas. Este estudio presenta dos casos con encefalitis, ingresados y tratados en el Instituto de Medicina tropical Pedro Kouri, para alertar de la necesidad de medidas preventivas así como incluir esta infección en el diagnóstico diferencial.