Instytuty badawcze wpisują się w szeroko pojęty system nauki w Polsce. Są jednostkami organizacyjnymi wyodrębnionym organizacyjnie i finansowo – posiadającymi osobowość prawną. Działalność instytutu opiera się na statucie, zaś do jego organów należą: dyrektor i rada naukowa, która podejmuje uchwały w istotnych sprawach związanych z działalnością instytutu. Uchwały rady naukowej instytutu badawczego podlegają nadzorowi właściwego ministra, który w ramach ingerencji nadzorczej może uchylić w części lub w całości uchwałę rady. Nadzór nad działalnością uchwałodawczą rad naukowych instytutów badawczych wyraża się w formie decyzji administracyjnej, która podlega weryfikacji w trybie ponownego rozpatrzenia sprawy oraz w trybie skargi sądowoadministracyjnej. Jedynym kryterium nadzoru nad uchwałami rad naukowych instytutów badawczych jest legalność – zgodność z powszechnie obowiązującym prawem oraz statutem instytutu. Legalność jest także punktem odniesienia przy weryfikacji decyzji nadzorczych nad uchwałami rad naukowych, czy to w trybie administracyjnym czy to w trybie sądowej kontroli. W tym ostatnim wypadku organ nadzoru może skorzystać z uprawnienia samokontrolnego.