Indonesia sebagai produsen biji kakao terbesar ketiga di dunia selama ini masih bermasalah dengan kualitas mutu biji kakao yang berpengaruh pada harga dan penerimaan ekspor di luar negeri. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui mutu (kadar air dan kadar biji berjamur) serta cemaran mikrobiologis biji kakao dari 12 Kab/Kota di Sulawesi Barat dan Tenggara dikaitkan dengan keamanan pangan produk kakao. Metode penelitian yang digunakan adalah survai dan pengambilan sampel secara purposive dari pengumpul di tingkat desa dan kecamatan dari 12 Kota/Kab di Sulawesi Barat dan Tenggara. Sampel kemudian di uji: kadar air, kadar biji berjamur, kapang dan khamir, jumlah bakteri total (Angka Lempeng Total), bakteri coliform, dan Salmonella. Hasil penelitian menunjukkan bahwa mutu biji kakao asal Sulawesi Barat dan Sulawesi Tenggara tidak memenuhi syarat SNI 2323:2008 ditinjau dari parameter kadar air dan kadar biji berjamur, sedangkan untuk parameter cemaran mikrobiologis banyak yang tidak sesuai standar SNI 7388:2009. Secara umum, biji kakao asal Sulawesi Barat dan Tenggara belum memenuhi syarat mutu SNI 7388:2009 tentang batas maksimal cemaran mikroba dalam pangan.