Upaya hukum yang dapat ditempuh wajib pajak dalam hal terjadi sengketa pajak dengan mengajukan keberatan kepada lembaga keberatan yang berada di Direktorat Jenderal Pajak. Keberatan ini pada hakikatnya merupakan upaya hukum yang berada diluar Pengadilan Pajak untuk memohon keadilan dalam sengketa pajak. Permasalahanya terdapat beberapa kelemahan terkait keadilan terhadap lembaga keberatan dalam memproses keberatan yang ada saat ini, yaitu: adanya tekanan psikologis pada penelaah keberatan, struktur organisasi yang tidak independen, manajemen sumber daya manusia khususnya para Tim Penelaah Keberatan yang belum belum optimal. Untuk mengatasi permasalahan tersebut terdapat beberapa startegi untuk meningkatkan kualitas proses keberatan, yaitu: penelaah keberatan diberikan jaminan perlindungan hukum, perubahan struktur kelembagaan untuk meningkatkan independensi dan objektivtas penelaah keberatan, fungsionalisasi penelaah keberatan dan pemberiaan Pendidikan dan pelatihan terkait penanganan keberatan.